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Con una superficie di circa 60,5 km² risulta essere il maggiore lago costiero italiano, oltre ad essere il settimo lago della penisola e il più grande dell'Italia meridionale
Situato sulla costa Nord del Gargano, tradizionalmente è chiamato “lago”, quando, in realtà si tratta di una laguna. Scavato nella massa calcarea garganica, tra il promontorio di Monte d'Elio e la punta di Rodi Garganico, ha forma vagamente trapezoidale che si estende per una larghezza di circa 10 km, risultando incassato all’interno del promontorio garganico per circa 7 km.