Descrizione
Il lago Varano ha la forma grossolanamente di un trapezio lungo circa 10 Km, largo 7 Km e con una superficie di circa 70 Km². A nord è separato dal mare da una duna sabbiosa lunga 10 Km e larga mediamente 1 Km. Il bacino comunica con il mare attraverso due foci: la foce Varano posta al versante orientale, lunga complessivamente 1 Km e larga circa 40 metri. Essa deriva dall'ex fiume Varano che costituiva l'unico emissario naturale del lago e che in parte esiste ancora oggi. La foce di Capojale posta sul versante occidentale, lunga circa 1,8 Km, con larghezza variabile da 30 a 50 metri. E’ un canale artificiale i cui lavori di apertura iniziarono intorno al 1810. La prima apertura, sebbene abusiva, avvenne nel 1860.

Origini del lago
Il lago Varano presenta un'origine geologica recente. Infatti, da note bibliografiche, risulta che esso era conosciuto allo stato di golfo descritto da Plinio con il nome di Sinus Urianus. In seguito, intorno al 1000 d.C., si sarebbe formata la barra dunosa, creando il cordone litoraneo che ha chiuso il golfo. Tale formazione si sarebbe creata a causa degli apporti solidi depositati dai fiumi adriatici esistenti a monte e trasportati dalle correnti del medio adriatico. L'area della laguna di Varano è costituita da rocce di tipo calcareo apparteneti all'era Mesozoica e Cenozoica nonchè sabbie, argille e sedimenti alluvionali del Quaternario.

Apporti idrici
Il lago Varano viene alimentato, oltre che dalle acque meteoriche, da canali e torrenti superficiali che scendono dai valloni circostanti, da sorgenti subacquee, che sorgano da speciali imbuti detti localmente “pozzacchi ”e da sorgenti superficiali poste quasi ai margini della costa, le più importanti delle quali si trovano in località San Nicola, Baresella, Irchio, Bagno e Fiumicello.

Batimetria
Il fondale del lago è costituito da materiale sabbioso alloctono ricoperto dal fango autoctono proveniente dal prodotto di decomposizione dei sedimenti biologici. Le isobate presentano un caratteristico andamento concentrico con una eccezione in località Puzzone dove esiste un punto singolare imbutiforme. L’andamento prodotto dalle isobate rispecchia le modalità di sedimentazione in ambienti lacustri. La profondità del lago è abbastanza elevata raggiungendo al centro più di 4 metri.

Il clima
Il clima della zona del lago Varano è quello caratteristico dei climi temperati caldi con influenza marittima. Le massime estive delle medie normali non superano i 26 °C (anche se negli ultimi anni sembra che ci sia un leggero aumento), mentre le minime non scendono sotto i 7 °C. La piovosità annuale a Cagnano Varano (731 mm-dati relativi a tutto il 1982) è leggermente superiore a quella garganica (689 mm) con un massimo di piovosità nel periodo invernale (dicembre-gennaio) pari a 87 mm ed un minimo estivo di 27 mm in giugno-agosto.